社内SEがフリーランスに転身すると年収はどう変わるか実質負担で比較

社内SEからフリーランスのエンジニアに転身すると、求人や案件サイトに並ぶ単価を見て年収が大きく上がるように感じます。しかし比較するべきは単価そのものではなく、社会保険料の負担が会社持ちから全額自己負担に変わった後に残る実質の金額です。この記事では、社内SEとフリーランスの年収データを一次情報で確認し、国民年金・国民健康保険の負担額を踏まえた計算例と、独立後に収入が減った人の割合を示す調査データをもとに、転身で本当に年収が上がるのかを整理します。

社内SEの年収相場を一次データで確認する

社内SEの年収についてまとまった中央値の公的統計は見当たらず、転職支援各社が独自に集計したデータが中心になっています。ギークリー運営のデータでは社内SEの平均年収は約590万円、JACリクルートメントのハイクラス転職支援実績では30代前半で720.6万円という高い数字が出ており、母集団の違いで数字が大きく変わります。年収を比較する際は、どの会社の、どんな転職者を対象にした数字なのかを必ず確認する必要があります。

複数の転職支援会社データを横並びにする

社内SEの年収データは会社によって算出方法が異なるため、1つの数字だけを見て高い低いと判断すると実態からずれます。マイナビAGENTの社内システム企画区分では20代平均385万円・30代平均505万円と、JACのハイクラス実績より200万円以上低く、求人票ベースの集計かハイクラス転職の成約実績かで数字の位置づけが変わります。自分の年代・経験に近い母集団のデータを選ぶことが欠かせません。

• 平均値か中央値かを確認する
• 求人票ベースか転職成約者ベースかを確認する
• 集計時点がいつかを確認する
• 企業規模や業界による違いが反映されているかを確認する

厚労省統計の「ソフトウェア作成者」という区分で見る

公的統計である厚生労働省の賃金構造基本統計調査には社内SEという職種区分が存在せず、最も近いのは「ソフトウェア作成者」という区分です。令和5年調査では男性のソフトウェア作成者の所定内給与(月額)は35.0万円とされ、年収換算では500万円台前半が目安になりますが、これはボーナスや残業代を含まない月例給与の数字です。転職エージェント各社の年収データと比べる際は、集計対象が同じ職種を指しているとは限らない点に注意が必要です。

フリーランスの単価相場はどう決まるか

フリーランスエンジニアの単価は、どの調査会社がどの案件データを集計したかによって数字が変わり、社内SE限定の単価になるとさらにばらつきが大きくなります。案件データ(フリーランスジョブ、約5万2760件)の集計では月額単価の中央値が67.5万円、平均が70.9万円で、Findyの調査では平均82.2万円という結果も出ています。まず全体の単価分布を知った上で、自分の職種に近いデータへ絞り込む順番で確認するのが安全です。

フリーランスエンジニア全体の単価の中央値と平均値の差

フリーランスの単価相場を紹介する記事の多くは平均値を使いますが、平均は一部の高単価案件に引き上げられやすいという性質があります。フリーランスジョブの案件データでは中央値67.5万円に対して平均70.9万円となっており、パーセンタイル(下位10%が50万円、上位10%が95万円)まで見ると、同じ相場という言葉でも案件ごとの幅が大きいことが分かります。自分の単価がこの幅のどこに位置するかを確認する方が、1つの平均値と比べるより実用的です。

社内SE限定の単価データはそのまま信じない

社内SE限定の業務委託単価を具体的な数字で示そうとすると、出典ごとに数字が大きくずれるため注意が必要です。市況レポートを引用した記事を複数確認したところ、社内SEの希望単価として118.3万円と188.3万円という異なる数字が見つかり、原レポートを直接確認できなかったため、本記事では社内SE限定の単価を断定しません。信頼できる一次情報が見当たらない以上、フリーランスエンジニア全体の単価分布を目安にしつつ、実際の案件サイトで同条件の募集を確認する方が確実です。

• 複数の案件サイトで同じ業務内容の募集単価を確認する
• 常駐型かリモートかで単価が変わる点を踏まえる
• 情シス顧問・代行サービスの料金(企業が外部に委託する側の相場、月5万〜50万円程度)と個人が受ける単価を混同しない
• 1つの記事の数字だけで判断しない

単価を年収換算すると社内SEとの差はどう変わるか

フリーランスの月額単価を12倍しただけの年収換算額は、実際に手元に残る金額とは一致しません。社内SE正社員の年収600万円を基準に、フリーランス単価70万円(フリーランスエンジニア全体の平均に近い水準)で計算すると、フル稼働の年収換算額は840万円になりますが、社会保険の自己負担分と稼働率を差し引くと差は大きく縮みます。以下の計算例で、見た目の単価差がどこまで残るのかを確認します。

月額単価と年収換算の計算例(稼働率込み)

計算例として、社内SE正社員の年収600万円(月収50万円相当)と、フリーランスの月額単価70万円の2パターンを比べます。単価70万円で仕事が途切れずに12か月稼働できれば年収換算840万円ですが、案件の切れ目や単価交渉の期間を考えて10.5か月分の稼働とすると735万円まで下がり、稼働率だけで100万円以上の差が生まれます。フリーランスの単価を見るときは、必ず想定稼働月数をかけ算してから比較する必要があります。

会社が払っていた社会保険料という「見えない年収」が消える

正社員の年収600万円には、会社が別途負担している社会保険料は含まれていません。厚生年金9.15%・健康保険4.95%・介護保険0.81%(合計約14.91%)を会社がもう1人分負担しており、年収600万円の社内SEの場合、会社はこれとは別に約89万円を社会保険料として負担しています。フリーランスになるとこの会社が代わりに払っていた分はなくなり、自分の年金・健康保険として自分の売上から全額払う必要があります。

国民年金・国民健康保険の自己負担はどれだけ増えるか

会社員からフリーランスになると、年金と健康保険の両方で加入先が変わり、自分で全額を納める立場になります。厚生年金と会社の健康保険から、国民年金と国民健康保険への切り替えが基本で、会社が負担していた分がなくなるだけでなく、雇用保険や労災保険にも原則加入できなくなります。まずは国民年金と国民健康保険それぞれの金額の決まり方を確認します。

厚生年金と国民年金の違いと金額

厚生年金は給与に比例して保険料が決まり、会社と本人で折半しますが、国民年金は所得に関係なく全員が同じ金額を全額自己負担します。国民年金の保険料は令和7年度(2025年度)が月額17,510円、令和8年度(2026年度)は17,920円で、年間では21万円台になります。厚生年金のように会社が半分を負担してくれる仕組みはなく、この差額は見落とされがちですが、長期で見ると老後資金の計画にも関わる部分です。

健康保険の会社負担分と国民健康保険の上限額

健康保険についても、会社員時代は保険料の半分を会社が負担していましたが、フリーランスになると国民健康保険の保険料を全額自分で払います。国民健康保険の保険料には上限(賦課限度額)があり、令和7年度の109万円から令和8年度は110万円に引き上げられる予定で、所得が高い人ほど上限に近づきやすくなります。保険料は前年の所得と居住する自治体によって決まるため、独立前に自分の自治体の算定方法を確認しておくと見通しが立てやすくなります。

• 国民年金の保険料(全員一律、会社の負担なし)
• 国民健康保険または任意継続の保険料(所得や前職の給与で変動)
• 雇用保険・労災保険への加入ができない(原則)
• 確定申告での保険料の記録と控除の申告

社内SEからフリーランスへの転身で起きやすい失敗パターン

フリーランスへの転身で最も多い誤算は、単価の高さに目を向けて、収入が不安定になるリスクを軽く見てしまうことです。元会社員でフリーランス専業になった200人を対象にした調査(キャリアクラフト、2024年10月実施)では、独立後に収入が「減った」と答えた人が65%に達し、後悔の1位は「経済的に不安定」(64.5%)でした。単価の高さと実際の年収の変化は、同じではないという前提から考える必要があります。

独立後に収入が減ったという調査データ

この調査では、会社員だった期間が長いほど独立後に収入が減る傾向も示されています。会社員歴10年以上だった72人のうち、独立後に収入が増えたのはわずか6人で、残りの大半は減収か横ばいでした。一方、会社員歴3〜5年ほどで独立した人は、独立後の方が収入が高くなる場合が多いとされています。

ただしこの調査の対象は200人の自社調査で、調査会社自身も代表性には限界があると述べています。社内SEとして長く勤めてきた人ほど、転身前にこの傾向を踏まえた慎重な見積もりが必要です。

営業力・案件獲得チャネルがないまま独立する

転職エージェント系のメディアでは、SEが独立して失敗する典型パターンの1つに営業力・人脈ゼロのまま独立することが挙げられています。社内SEは社外との折衝が少ない業務が多く、案件を自分で見つけてくる経験が乏しいまま独立すると、案件の切れ目に対応できず稼働率が下がりやすくなります。独立前に、エージェントや案件サイトなど複数の獲得チャネルを並行して確保しておくことが、収入を安定させる土台になります。

• フリーランスエージェント(複数社に登録しておく)
• 案件マッチングサイト(自分で応募するタイプ)
• 前職や現職で築いた人脈からの紹介
• SNSやポートフォリオでの直接の問い合わせ経路

リスクを抑えて転身する判断軸

転身を決める前に、いつ、どの条件で踏み出すかを具体的な数字で確認しておくと、独立後の後悔を減らせます。調査データでは会社員歴3〜5年ほどでの独立は収入が上がる場合が多く、10年以上の長期勤務からの独立は収入が下がりやすい傾向が示されています。社内SEとしての経験年数も、転身のタイミングを考える材料の1つになり、あわせて税金・保険料の負担を抑える制度も確認しておく必要があります。

会社員歴・年代別に見た収入変化の傾向

独立のタイミングによって、収入が上がるか下がるかの傾向に差が出ることが調査から見えています。会社員歴が短いうちに独立した人は独立後に収入が上がる場合が多く、会社員歴が長くなるほどそれまでの給与水準が高くなっている分、フリーランスの単価では届かず収入が下がりやすくなります。社内SEとして年収が上がってきたタイミングほど、転身前の単価交渉をより慎重に行う必要があります。

法人化・青色申告で実質負担を抑える選択肢

フリーランスの税金や保険料の負担は、確定申告の方法や法人化のタイミングによって変わります。個人事業主のまま青色申告を選べば、複式簿記による記帳と期限内のe-Tax申告を条件に最大65万円の特別控除を受けられ、所得(売上から経費を引いた額)が330万円前後を超えてくると法人化による税率の差を検討する段階になるとされています。法人化には設立費用や税理士顧問料などの維持コストもかかるため、所得の見通しが立ってから検討するのが基本です。

• 青色申告承認申請書を期限内に提出する
• 国民健康保険と任意継続の見積もりを両方取る
• 所得330万円前後を目安に法人化のタイミングを検討する
• 税理士への相談を独立前から始めておく

社内SEのままで年収を上げる選択肢との比較

フリーランスへの転身だけが年収を上げる手段ではなく、社内SEのまま転職して年収を上げる選択肢も比較対象になります。JACリクルートメントのハイクラス転職支援実績では、社内SEの年収は30代前半で720.6万円、30代後半で818.7万円とされ、企業規模や役職によって正社員のままでも年収が大きく伸びる余地があります。フリーランスの単価交渉と、社内SEとしての転職活動は、どちらも検討した上で選ぶのが安全です。

転職による年収アップの可能性

社内SEとして勤務先を変えるだけでも、年収が大きく変わる場合があります。同じ社内SEという職種でも、企業規模や事業内容によって年収データに200万円以上の差があり、今の勤務先の給与水準が低い場合は、フリーランスに転身する前に転職による年収アップを検討する余地があります。フリーランスのリスクを取る前に、正社員のまま条件を改善できないかを確認しておく価値があります。

フリーランスと社内SE継続、どちらを選ぶべきかの判断材料

最終的な判断は、収入の安定性をどこまで重視するかによって変わります。雇用保険や労災保険による保障、会社負担の社会保険料、賞与や福利厚生を含めた総合的な待遇を重視するなら社内SEの継続か転職が向き、単価交渉による上振れの余地と働き方の自由度を重視するならフリーランスが向きます。どちらを選ぶ場合も、今回示した計算例のように、見た目の金額だけでなく自己負担する保険料まで含めて比較することが欠かせません。

よくある質問

社内SEからフリーランスへの転身について、検索でよく調べられている質問をまとめました。年収や保険料は個人の状況によって変わるため、ここでは一般的な考え方として回答しています。以下は2026年10月21日時点で確認した情報にもとづいており、実在する個人の転職体験談は含まれていません。数字を使う際は、必ず出典と確認時点を見てから判断してください。

社内SEからフリーランスになると年収は本当に上がりますか

単価だけを見れば上がって見える場合がありますが、社会保険料の自己負担化と案件の稼働率を考えると、差は縮む場合があります。社内SE正社員の年収600万円とフリーランスの単価70万円を比較した計算例では、フル稼働なら実質740万円前後まで上がる一方、稼働率が下がると600万円台前半まで差が縮みました。また、元会社員でフリーランス専業になった人を対象にした調査では、独立後に収入が「減った」と回答した人が65%に達しており、単価の高さが年収アップを保証するわけではありません。

フリーランスになると税金や保険料はどのくらい増えますか

会社員時代は健康保険・厚生年金・介護保険の保険料を会社と折半していましたが、フリーランスになると国民年金と国民健康保険を全額自己負担します。国民年金は令和8年度(2026年度)で月額17,920円、国民健康保険は所得に応じて変動し、令和8年度の上限(賦課限度額)は110万円です。会社が負担していた分がなくなるため、見た目の単価が同じでも手元に残る金額は会社員時代より少なくなりやすい点に注意が必要です。

社内SEの経験はフリーランスの案件探しで評価されますか

社内SEで培った要件整理やベンダー調整、運用保守の経験は、フリーランスの業務委託案件でも評価される要素です。ただし社内SE限定の単価データは出典によって数字が大きく食い違い、信頼できる一次情報が見当たらないため、実際の評価額は案件サイトやエージェントへの相談で個別に確認する必要があります。特定の技術を深く掘る経験が少ない場合は、インフラやクラウドなど強みになる分野を事前に補っておくと案件を探しやすくなります。

フリーランスで独立する前に何を準備すればいいですか

案件獲得のチャネルを複数確保すること、国民健康保険と任意継続の保険料を見積もって比較すること、青色申告の承認申請書を早めに提出することの3点が基本です。独立後に収入が減ったと回答した人が多い調査結果を踏まえると、特に会社員歴が長い人ほど、独立直後の数か月分の生活費を確保してから踏み出す方が安全です。

まとめ

社内SEからフリーランスへの転身は、単価の数字だけを見れば年収アップに見えますが、会社が負担していた社会保険料が自己負担に変わり、稼働率によって年収換算額も変動するため、実質の差は見た目より縮みやすくなります。国民年金・国民健康保険の負担額、独立後に収入が減った人が65%に達した調査データ、社内SEのまま転職する選択肢まで含めて比較したうえで、転身のタイミングを判断することが欠かせません。

フリーランスの単価相場をより詳しく確認したい場合はフリーランスエンジニアの単価相場を解説した記事を、社内SEの年収データを詳しく知りたい場合は社内SEの年収中央値を解説した記事を参考にしてください。年収2000万円を目指す場合の条件はフリーランスエンジニアの年収2000万円を解説した記事でも確認できます。転職に関するほかの記事は年収カテゴリの記事一覧でご覧いただけます。